養殖廢水的預處理主要是通過物理處理的辦法進行固液分離，將廢水中的糞便、纖維素、豬毛發等。其主要處理方法有格柵、沉淀池和隔離池等。

UASB(升流式厭氧污泥床反應器）厭氧處理，在反應器的底部有個高濃度、高活性的污泥層大部分的有機物在這里被轉化為CH4和CO2。由于氣態產物(消化氣)的攪動和氣泡黏附污泥,在污泥層之上形成一個污泥懸浮層。反應器的上部設有三相分離器,完成氣、液、固三相的分離。被分離的消化氣從上部導出,被分離的污泥則自動滑落到懸浮污泥層。出水則從清區流出。

缺氧池是指溶解氧控制在0.2~0.5毫克每升之間的生化處理系統，其主要起反硝化去除硝態氮的作用，同時去除部分BOD，還能提高廢水的生化性。好氧生物處理以活性污泥法為主，廢水通過曝氣池內的活性污泥將有機物和氮去除，也可去除部分無機鹽和吸附懸浮固體等。