制藥污水來源于生產過程中的清洗過程和分離過程，由于不同的制藥企業生產產品不同，排放廢水存在較大差異，制藥廢水處理方法差異較大。

化學制藥廢水—般濃度高，難降解;生物制藥廢水濃度低，但對微生物有抑制;中藥廢水濃度較高，色度高，生化性較好。不同制藥廢水水處理方法不同，需根據不同制藥生產企業定制專業的污水處理方案并實施，才能將污水處理達標排放。

制藥廢水由于具有以上濃度高、色度高、難降解和部分生物毒害，屬于高濃度難降解有機,廢水處理。此外，部分制藥廢水含鹽量高、氨氮高、硫酸鹽，氯離子、磷酸鹽污染物含量高，大部分污水BOD/COD<0.3,生化性較差，這增加了制藥污水處理難度。2008年8月1日實施的《制藥工業水污染物排放標準》，對各類制藥廢水處理題出不同處理要求，生物發酵制藥廢水和化學合成制藥廢水COD排放標準為120mg/L,z中藥制藥廢水排放限值為100mg/L，混裝試劑制藥廢水排放標準為60mg/L，以上要求嚴于各發展中的國家，接近或達到美國和歐盟標準。因此，需對現有制藥污水處理技術不斷研發升級，確保制藥廢水處理達標排放。

廢水處理方法

 根據污水種類、濃度、排放標準的不同，制藥廢水處理分為預處理、生物處理和后續處理。

對于化學制藥預處理的目的是破壞化學藥劑中大分子成份所采用的工藝一般為化學氧化成化學還原。對于生物制藥廢水預處理主要是去除廢水中生物藥劑成份所采用工藝為沉淀，過濾及滅活殺jun工藝。對于中藥制藥污水—般是去除藥渣和植物色素，所用工藝常用機械過濾或化學絮凝。

廢水經上述預處理后，后續采用公司開發的UASB厭氧反應器、LYIC厭氧反應器以及顏厭氧復合床等。

制藥廢水經上述處理后續進一步好氧生物處理，好氧工藝傳統上采用穩定的生物接觸氧化法處理。經上述方法處理后，一般能將廢水處理達標，若對于成份復雜處理難度大或者出水要求高的廢水后續還需進行脫色、除鹽、脫氮去除殘留COD等要求，以上要求可通過深度氧化或膜分離法實現。